La PCR de Thermo Fisher, la prueba clave para evitar la expansión de la variante británica

La presencia de la variante británica en España es una de las grandes preocupaciones de los epidemiólogos y de los responsables de Salud Pública del País. No es para menos, la cepa británica que se originó en Inglaterra es un 70% más transmisible y, aunque no es más letal, aumenta los contagios y, por consiguiente, las personas que mueren y las que enferman. Lo que pone más presión sobre el sistema sanitario con más contagios. 

Desde que saltó la alarma de Reino Unido el Centro Europeo de Enfermedades Infecciosas (ECDC, en sus siglas en inglés) recomendó hacer vigilancia estrecha de la evolución del virus haciendo secuenciación genética, esto es, el análisis genético del virus para determinar su origen. Algo que, hasta ese momento, era una labor científica para hacer seguimiento, a posteriori, de la evolución del virus. Ahora la secuenciación necesita hacerse con los nuevos casos de Covid, para conocer lo más rápidamente posible si se trata de infecciones con una variante como la británica, para poder rastrear contactos estrechos, aislar los casos y evitar su expansión.

La secuenciación genética es, técnicamente, compleja y requiere varios días de tiempo para dar resultados. Por este motivo se ha extendido el uso de unas PCR especiales de una marca concreta, el kit TaqPath COVID-19 Combo de Thermo Fisher Scientific, que detectan casos muy sospechosos de ser de la variante británica sin necesidad de secuenciar. De cada 100 pruebas positivas de variante británica realizadas con estas PCR, 95% son correctas. Esto es los investigadores llaman “hacer screening”. “En nuestro hospital hacemos muestro aleatorio de un 15% de los casos que tenemos a diario para ver cuáles tienen variante británica”, explica Federico García responsable de investigación del Hospital Universitario San Cecilio de Granada. "Entre los genes que investiga esta PCR del coronavirus hay uno que si se trata de la variante británica no se detecta. De esta manera se dieron cuenta los ingleses que les estaba pasando algo raro. En nuestro laboratorio tenemos estas PCR para hacer ese screening. Si vemos que falla ese gen, entonces lo secuenciamos”.

La variante británica (B.1.17) tiene varias mutaciones, una de ellas es una deleción de 6 nucleótidos del gen S que da lugar a la supresión de dos aminoácidos en los sitios 69 y 70 (69-70del). Esta modificación del genoma da lugar a una señal de drop-out (no señal, en los términos técnicos que emplean los investigadores) del gen S. Un drop-out del gen S no significa que el resultado sea negativo; sólo indica que el gen S no pudo ser detectado por el ensayo. Debido a la redundancia incorporada en el kit TaqPath COVID-19 Combo de Thermo Fisher Scientific, diseñado con dianas en de 3 genes, la probabilidad de que una mutación en el gen S afecte a la precisión de los resultados de la prueba es baja.

Si bien estas PCR no están diseñadas para la detección de la variante británica, el drop-out del gen S puede utilizarse como señal de la presencia de la mutación 69-70del. Esto es especialmente útil cuando las capacidades de secuenciación son limitadas. El drop-out del gen S, tal y como señala el Centro Europeo para el Control de Enfermedades y la Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos (FDA), puede ayudar a la identificación temprana de nuevas variantes en los pacientes, por lo que la empresa Thermo Fisher está trabajando con la FDA y otras agencias para aunar esfuerzos de vigilancia de la nueva variante.

Muchos hospitales en España están usando la tecnología qPCR de Thermo Fisher Scientific para las pruebas de COVID-19. A nivel mundial, más de la mitad de las pruebas de COVID-19 se realizan actualmente con instrumentos y productos de esta empresa, según aseguran desde la empresa. “Thermo Fisher ha ampliado la producción de sus kits COVID-19 a 20 millones de reacciones por semana. La empresa está integrada verticalmente y es un único proveedor y distribuidor de consumibles, reactivos, instrumentos, software, servicio y soporte para los laboratorios que realizan pruebas de COVID-19”, explican a El Independiente por correo electrónico desde la compañía.