Los mejores programas de contabilidad para autónomos y pymes

Un autónomo y una sociedad no tienen las mismas obligaciones contables, así que tampoco necesitan el mismo programa. Esta comparativa separa ambos casos para que elijas con criterio.

Un programa de contabilidad registra ingresos y gastos, prepara los impuestos y te dice en cualquier momento cómo va el negocio. Los mejores programas de contabilidad en 2026 son los que se alimentan solos de la facturación y del banco, porque la contabilidad que se teclea a mano llega tarde y con errores.

Antes de comparar, conviene saber qué te exige la ley según seas autónomo o sociedad. En esta guía sobre los mejores programas de contabilidad tienes más opciones analizadas; aquí verás seis alternativas y para quién encaja cada una.

¿Qué contabilidad tiene que llevar un autónomo y qué una pyme?

La mayoría de autónomos tributa por estimación directa simplificada o por módulos, y no está obligada a la contabilidad de partida doble. Lo que necesita son los libros registro: ingresos, gastos, bienes de inversión y, si aplica, provisiones. Con ellos se calculan los pagos fraccionados (modelo 130) y el IVA trimestral (modelo 303).

Una sociedad limitada sí está obligada a llevar contabilidad según el Plan General de Contabilidad: libro diario, libro de inventarios y cuentas anuales, además del Impuesto sobre Sociedades. Lo mismo ocurre con el autónomo en estimación directa normal, que se aplica, entre otros casos, cuando la cifra de negocio supera los 600.000 euros.

Esa diferencia decide qué programa te conviene:

Necesidad

Autónomo en directa simplificada

Sociedad o pyme

Libros registro de IVA e IRPF

Sí

Sí

Modelos 303 y 130

Sí

303 sí; 130 no

Partida doble y PGC

No

Sí

Cuentas anuales

No

Sí

Impuesto sobre Sociedades

No

Sí

¿Cuáles son los mejores programas de contabilidad?

La tabla resume las seis opciones con los precios publicados por cada proveedor en octubre de 2026, sin IVA.

Programa	Encaja con	Precio de entrada	Modelo
Holded	Autónomos y pymes	15 €/mes (7,50 € los 3 primeros meses)	Nube
Sage 50	Pymes con gestión comercial	Desde 45 €/mes	Escritorio y nube
Cegid Contasol	Pymes y despachos	Desde 155 €/año	Escritorio
Contasimple	Autónomos que empiezan	Plan gratuito; Profesional 10,95 €/mes	Nube
Anfix	Autónomos y pequeñas empresas	Desde 4,99 €/mes en pago anual	Nube
FacturaDirecta	Autónomos y micropymes	Plan gratuito; Bronce 12 €/mes	Nube

1. Holded

Holded es la opción que mejor cubre los dos perfiles con la misma herramienta: el autónomo empieza con libros registro e impuestos y, si constituye una sociedad o crece, activa la contabilidad completa subiendo de plan, sin migrar datos ni cambiar de programa.

Con Holded, cada factura, gasto o cobro genera su asiento en tiempo real. La IA lee las facturas de proveedor, propone la cuenta y el tipo de IVA, y aprende de cada corrección. El banco se sincroniza y la conciliación llega preparada para que solo la apruebes. El plan contable es compatible con el PGC español y cada asiento queda enlazado al documento original.

Por perfiles, así se reparte (precios sin IVA, al mes):

• Autónomo: el plan Básico (29 €) autorrellena los modelos de IVA e IRPF y los presenta en un clic ante la AEAT con tu certificado digital. Incluye escáner de gastos ilimitado.
• Pyme o sociedad: el plan Estándar (59 €, 4 usuarios) añade asientos automáticos, contabilidad analítica, Impuesto de Sociedades, gestión de activos, remesas e informes avanzados.

Los tres primeros meses tienen un 50% de descuento y hay 14 días de prueba sin tarjeta. Tu asesoría partner trabaja en la misma cuenta gratis y sin ocupar usuario, así que revisáis y cerráis los libros juntos. Holded tiene más de 900.000 usuarios y un 4,6/5 en Capterra.

Ideal para: autónomos que quieren tener los impuestos al día y pymes de servicios o comercio que buscan contabilidad automática conectada con facturación y bancos.

2. Sage 50

Sage 50 es el programa de contabilidad y gestión comercial de Sage para pequeñas y medianas empresas, con funcionamiento híbrido entre escritorio y nube. Es heredero de ContaPlus y FacturaPlus, muy extendidos en España.

Ideal para: pymes con stock y circuitos comerciales que vienen de ContaPlus y trabajan con un partner de Sage.

3. Cegid Contasol

Contasol es el programa de contabilidad de Cegid (antes Software Delsol). Cubre contabilidad general, modelos fiscales y cuentas anuales, y tiene una base instalada amplia entre pymes y despachos.

Ideal para: empresas y despachos que prefieren un programa de escritorio con licencia anual.

4. Contasimple

Contasimple, también del grupo Cegid, es un programa online pensado para autónomos y micropymes, con un plan gratuito permanente y planes de pago de 10,95 € y 15,95 € al mes en pago anual. Incluye presentación de impuestos y factura electrónica para administraciones.

Ideal para: autónomos que empiezan y quieren una herramienta sencilla con opción gratuita.

5. Anfix

Anfix es un programa online de facturación y contabilidad con cinco planes, desde 4,99 € al mes en pago anual hasta el plan Premium. Todos incluyen Verifactu.

Ideal para: autónomos y pequeñas empresas que quieren escalar por planes dentro de un mismo proveedor.

6. FacturaDirecta

FacturaDirecta combina facturación con contabilidad automática y modelos de impuestos. Tiene un plan gratuito de hasta 100 facturas al año y planes de pago desde 12 € al mes en pago anual.

Ideal para: autónomos con poco volumen de facturación que quieren empezar sin coste.

¿Qué ventajas tiene llevar la contabilidad en la nube?

La contabilidad en la nube trabaja con datos al día, no con lo que alguien tecleó al cierre del trimestre. Eso cambia tres cosas en la práctica.

Ves el resultado cuando lo necesitas. Si las facturas y el banco entran solos, el informe de pérdidas y ganancias de hoy es real. Puedes decidir una contratación o un gasto con números del mes, no del trimestre pasado.

Tu gestor deja de pedirte papeles. Accede a la misma cuenta, revisa los asientos y te pregunta solo lo que falta. Se acaban los envíos de carpetas comprimidas cada final de trimestre.

No instalas ni actualizas nada. Los cambios normativos, como Verifactu o los nuevos modelos de la AEAT, llegan con las actualizaciones del proveedor. En Holded, por ejemplo, están incluidas en la cuota.

¿Cómo elegir un programa de contabilidad?

Elige pensando en dónde estará tu negocio dentro de dos años, no solo hoy. Cambiar de programa a mitad de ejercicio supone migrar asientos, saldos y facturas, y casi nadie lo hace a gusto.

Fíjate en estos cuatro puntos:

1. Que la contabilidad salga de la facturación. Si emites en un programa y contabilizas en otro, duplicas trabajo.
2. Que conecte con tu banco. La conciliación automática es donde más horas se ahorran.
3. Que tu gestor pueda entrar. Trabajar sobre los mismos datos evita exportar ficheros cada trimestre.
4. Que crezca contigo. El paso de autónomo a sociedad no debería obligarte a cambiar de herramienta.

Un ejemplo: una diseñadora autónoma empieza en el plan Básico de Holded por 29 € al mes (14,50 € los tres primeros meses). Dos años después constituye una SL con dos empleados, sube al plan Estándar y sigue trabajando con el mismo histórico, ahora con contabilidad completa e Impuesto de Sociedades.

Preguntas frecuentes sobre programas de contabilidad

¿Cuál es el mejor programa de contabilidad para autónomos y pymes?

Holded es la opción más completa para ambos perfiles en esta comparativa: cubre libros registro e impuestos para el autónomo y contabilidad completa según el PGC para la pyme, en la misma herramienta.

¿Un autónomo necesita contabilidad de partida doble?

No, si tributa en estimación directa simplificada o por módulos. Le basta con los libros registro. La partida doble es obligatoria para sociedades y para autónomos en estimación directa normal.

¿Puedo presentar los impuestos desde el programa de contabilidad?

Con algunos, sí. Holded autorrellena los modelos de IVA e IRPF y permite presentarlos en un clic ante la AEAT desde el plan Básico, con tu certificado digital.

¿Puede mi asesoría trabajar en mi programa de contabilidad?

En Holded, todos los planes incluyen acceso gratuito para tu asesoría partner, sin ocupar plaza de usuario.